在進行掃描電鏡觀察前，要對樣品作相應的處理。掃描電鏡樣品制備的主要要求是:盡可能使樣品的表面結構保存好，沒有變形和污染，樣品干燥并且有良好導電性能。
一、樣品的初步處理
1、取材
掃描電鏡來說，樣品可以稍大些，面積可達8mm×8mm，厚度可達5mm。對于掃描電鏡易卷曲的樣品如血管、胃腸道粘膜等，可固定在濾紙或卡片紙上，以充分暴露待觀察的組織表面。
2、樣品的清洗
用掃描電鏡觀察的部位常常是樣品的表面，即組織的游離面。由于樣品取自活體組織，其表面常有血液、組織液或粘液附著，這會遮蓋樣品的表面結構，影響觀察。因此，在樣品固定之前，要將這些附著物清洗干凈。
3、固定
固定所用的試劑和透射電鏡樣品制備相同，常用戊二醛及鋨酸雙固定。由于樣品體積較大，固定時間應適當延長。也可用快速冷凍固定。
4、脫水
樣品經漂洗后用逐級增高濃度的酒精或丙酮脫水，然后進入中間液，一般用醋酸異戊酯作中間液。
二、樣品的干燥
掃描電鏡觀察樣品要求在高真空中進行。無論是水或脫水溶液，在高真空中都會產生劇烈地汽化，不僅影響真空度、污染樣品，還會破壞樣品的微細結構。因此，樣品在用電鏡觀察之前必須進行干燥。干燥的方法有以下幾種:
1、空氣干燥法
空氣干燥法又稱自然干燥法，就是將經過脫水的樣品，讓其暴露在空氣中使脫水劑逐漸揮發干燥。這種方法的優點是簡便易行和節省時間;它的主要缺點是在干燥過程中，組織會由于脫水劑揮發時表面張力的作用而產生收縮變形。因此，該方法一般只適用于表面較為堅硬的樣品。
2、臨界點干燥法
臨界點干燥法是利用物質在臨界狀態時，其表面張力等于零的特性，使樣品的液體*汽化，并以氣體方式排掉，來達到*干燥的目的。這樣就可以避免表面張力的影響，較好地保存樣品的微細結構。此法操作較為方便，所用的時間也不算長，一般約2~3小時即可完成，所以是常用的干燥方法。
3、冷凍干燥法
冷凍干燥法是將經過冷凍的樣品置于高真空中，通過升華除去樣品中的水分或脫水劑的過程。冷凍干燥的基礎是冰從樣品中升華，即水分從固態直接轉化為氣態，不經過中間的液態，不存在氣相和液相之間的表面張力對樣品的作用，從而減輕在干燥過程中對樣品的損傷。
三、樣品的導電處理
生物樣品經過脫水、干燥處理后，其表面不帶電，導電性能也差。用掃描電鏡觀察時，當入射電子束打到樣品上，會在樣品表面產生電荷的積累，形成充電和放電效應，影響對圖象的觀察和拍照記錄。因此在觀察之前要進行導電處理，使樣品表面導電。常用的導電方法有以下幾種:
1、金屬鍍膜法
金屬鍍膜法是采用特殊裝置將電阻率小的金屬，如金、鉑、鈀等蒸發后覆蓋在樣品表面的方法。樣品鍍以金屬膜后，不僅可以防止充電、放電效應，還可以減少電子束對樣品的損傷作用，增加二次電子的產生率，獲得良好的圖象。
2、組織導電法
用金屬鍍膜法使樣品表面導電，需要特殊的設備，操作比較復雜，同時對樣品有一定程度的損傷。為了克服這些不足，有人采用組織導電法(又稱導電染色法)，即利用某些金屬 溶液對生物樣品中的蛋白質?脂類和醣類等成分的結合作用，使樣品表面離子化或產生導電性能好的金屬鹽類化合物，從而提高樣品耐受電子束轟擊的能力和導電率。
