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染色質(zhì)免疫共沉淀測序（ChIP-seq）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌
- 型號
- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:55:29
- 訪問次數(shù) 333
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大家好，這里是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。今天跟大家介紹一下易基因的產(chǎn)品：染色質(zhì)免疫共沉淀測序 (ChIP-seq) 。
染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP），是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典方法。將ChIP與高通量測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，可在全基因組范圍對特定蛋白的DNA結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行高效而準(zhǔn)確的篩選與鑒定，為研究的深入開展打下基礎(chǔ)。
DNA與蛋白質(zhì)的相互作用與基因的轉(zhuǎn)錄、染色質(zhì)的空間構(gòu)型和構(gòu)象密切相關(guān)。運(yùn)用組蛋白特定修飾的特異性抗體或DNA結(jié)合蛋白或轉(zhuǎn)錄因子特異性抗體富集與其結(jié)合的DNA片段，并進(jìn)行純化和文庫構(gòu)建，然后進(jìn)行高通量測序，通過將獲得的數(shù)據(jù)與參考基因組精確比對，研究人員可獲得全基因組范圍內(nèi)某種修飾類型的特定組蛋白或轉(zhuǎn)錄因子與基因組DNA序列之間的關(guān)系，也可對多個樣品進(jìn)行差異比較。
應(yīng)用方向：
ChIP 用來在空間上和時間上不同蛋白沿基因或基因組定位
轉(zhuǎn)錄因子和輔因子結(jié)合作用
復(fù)制因子和 DNA 修復(fù)蛋白
組蛋白修飾和變異組蛋白
技術(shù)優(yōu)勢：
物種范圍廣：細(xì)胞、動物組織、植物組織、細(xì)菌微生物多物種富集經(jīng)驗(yàn)；
微量建庫：只需5ng以上免疫沉淀后的DNA，即可展開測序分析；
方案靈活：根據(jù)不同的項(xiàng)目需求，選擇不同的組蛋白修飾特異性抗體。
技術(shù)路線：
實(shí)驗(yàn)策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
經(jīng)典案例：
項(xiàng)目文章
ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化酶在體細(xì)胞重編程調(diào)控轉(zhuǎn)錄機(jī)制
Huang Y,et al.JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061.
背 景：
作為個體發(fā)育和干細(xì)胞分化中最重要的組蛋白修飾之一，H3K27me3標(biāo)記發(fā)育分化基因并抑制其表達(dá)，在基因組水平H3K27me3的動態(tài)變化是發(fā)育和分化得以有序進(jìn)行的重要基礎(chǔ)。體細(xì)胞重編程是發(fā)育和分化的逆向過程，H3K27me3勢必經(jīng)歷逆向的時空變化。
方 法：
將小鼠飼養(yǎng)在病原體的環(huán)境中，12小時光照/黑暗循環(huán)，溫度保持22-24°C，相對濕度40–70%，吸入二氧化碳進(jìn)行處理，提取樣本對體細(xì)胞重編程，進(jìn)行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等測序分析。
結(jié)論：
作者通過對小鼠體細(xì)胞重編程過程中進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和ChIP-seq等測序分析，揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3與KLF4在體細(xì)胞重編程中協(xié)同調(diào)控轉(zhuǎn)錄新機(jī)制。首先，JMJD3對重編程有2方面相反的作用；在機(jī)制上，JMJD3被KLF4特異性地招募至上皮和多能性基因位點(diǎn)，并輔助KLF4激活這些基因。進(jìn)一步，作者還在多種其他KLF4介導(dǎo)的細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變中驗(yàn)證了JMJD3的這一作用模式。
圖：重編程過程中JMJD3與KLF4協(xié)同作用
參考文獻(xiàn)：
Huang Y,et al.JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061.
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