手持式ATP熒光檢測儀利用生物發光計數方法測定樣品中微生物總量/菌落數。由于每種微生物中ATP含量是恒定的，通過ATP與熒光素-熒光素酶復合物的反應能產生熒光來測定是否存在三磷酸腺苷。通過檢測反應中產生熒光強度對微生物數量進行定量檢測。微生物數量越多，ATP量就越多，產生的熒光量就越高。也就是說光強度和微生物總量呈比例關系。
應用領域
食品中微生物快速檢測；餐飲器具潔凈度快速檢測；食品加工器具消毒結果快速檢測； 工作臺面消毒結果快速檢測；檢測有機物殘留；迅速檢測出衛生環境是否清潔；醫療工作平臺即時評估
ATP熒光檢測操作步驟：
1）取出試管內拭子，涂抹10cmX10cm清潔后的表面（表面不規則也盡量涂抹夠100cm2）；

2）將拭子放回試管內；

3）測試棒分幾種：如果測試棒是上端有試劑的話拆斷上端閥門，釋放反應液，反應液將沿拭子管沖刷拭子頭部棉簽，停留于拭子管底部；如果是下端有試劑的話，把測試棒使勁按入底部，接觸測試液；
4）充分震蕩試管，使反應充分進行；
5）將拭子管放入熒光檢測儀，運行儀器后，顯示監測結果。
ATP熒光檢測儀在器械清洗效果評價方面的使用越來越多了，需要注意幾個問題：

1、檢測原理是測定細胞中的ATP：ATP是細胞能量的來源，含量較為穩定；熒光素在熒光素酶的參與下與ATP反應生成熒光素氧化產物發出熒光，而熒光強度與ATP的量成正比，因此ATP檢測結果間接反映出微生物或有機物的含量。中國CDC研究證實，ATP檢測結果與不同濃度的大腸桿菌、金黃色葡萄球菌和血液成直線相關。

2、檢測結果的可靠性與檢測試劑有關：需要審核試劑的相關研究數據，如跟微生物含量、血液等的*性。

3、目前有手持機和臺式機2種機型：手持機由于檢測精度限制只能用于環境物體表面和手衛生的檢測，不能用于醫療器械清洗效果的檢測；要評價器械的清洗效果只能使用臺式機。我們曾在供應室進行比較，用臺式機檢測陽性（大于2000）的樣本，手持機的監測值為0。