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無機基質材料中zui重要的是硅膠，微粒型硅膠的出現，促進了液相色譜法的發生與發展。合成色譜用硅膠區別于天然晶體二氧化硅，也區別于介于晶型和無定型之間的用于色譜、電色譜中的石英毛細管，用作色譜填料的是無定型二氧化硅。硅膠吸附色譜是色譜中的經典，硅膠至今仍是制備色譜中填充柱的主要材料，250目～400目(即40μm～63μm直徑)的硅膠顆粒的含水量直接影響活性，其活性隨著含水量的升高而降低。當其含水量接近20%的時候，硅膠基本不具吸附活性;活性太高，則出現不可逆吸附和拖尾，甚至分離物分子結構的改變。以下將重點介紹其化學修飾及聚合物包覆的過程。
硅膠能用于色譜基質材料，是因為其表面具有重要的活性基團硅羥基，即自由硅羥基，或稱孤立硅羥基。由于游離的硅羥基是造成色譜峰尤其是堿性溶質拖尾的主要原因，因此在合成反相色譜材料中，針對硅羥基的封尾技術非常重要。例如C18柱，在鍵合了十八烷基后，還需通過小分子的硅烷化試劑(例如*基氯硅烷)對其進行封尾，以盡可能地減小極性大的硅羥基對整體呈現非極性的色譜柱的影響，如若硅羥基外露，封尾不*，勢必影響反相色譜的保留時間和色譜峰型。
對硅膠表面進行的改性是通過該活性基團進行的，通過各種硅烷化試劑對硅膠表面進行修飾，可以得到包括烷烴和芳烴在內的烷基反相填料。常用的硅烷化試劑除了氯硅烷和烷氧基硅烷外，還有烷基硅氨烷。例如: 在硅羥基上鍵合十八烷基，可制得液相色譜柱中常用的C18柱(ODS);以氨基、羧基、磺酸基修飾，可得到離子交換填料; 以聚乙二醇修飾，可得到疏水作用的填料。
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