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實驗室分子蒸餾是一種相對較新的分離技術，可以解決傳統蒸餾技術無法解決的大量問題。分子蒸餾是一種特殊的液-液分離技術，可以在*的真空下進行。根據分子運動平均自由程的不同，它可以在遠低于沸點的溫度下分離液體。特別適用于高沸點、熱敏性、易氧化體系的分離。由于短程蒸餾具有蒸餾溫度低于物料沸點、蒸餾壓力低、加熱時間短、分離度高等特點，可以大大降低分離高沸點物料和熱敏物料的技術難度，并保護熱敏材料的特性質量。分子蒸餾設備特別用于天然保健品的提取，可以擺脫化學處理方法的限制，真正保持天然的特性。
短程分子蒸餾分子碰撞過程：分子與分子之間存在著相互作用力。當兩分子離得較遠時，分子之間的吸引力是主要的。但當兩分子相互接近到一定距離之后，分子之間的作用力就會改變為斥力，并且隨著其接近程度而迅速增加。當接近到一定程度時，由于斥力的作用，兩分子發生斥離。這種由于接近而至斥離的過程就是分子的碰撞過程。
實驗室分子蒸餾的原理：根據分子運動理論，液體分子受熱從液面逸出，不同種類的分子，其平均自由程不同；液體混合物為達到分離的目的，首先進行加熱，能量足夠的分子逸出液面。輕分子的平均自由程大，重分子的平均自由程小，若在離液面小于輕分子平均自由程而大于重分子平均自由程處設置一冷凝面，使得輕分子落在冷凝面上被冷凝，從而破壞了輕分子的動態平衡，使得輕分子繼續不斷逸出。而重分子因達不到冷凝面，很快趨于動態平衡。這樣就將混合物分離了。由于輕分子只走很短的距離即被冷凝，所以分子蒸餾亦叫短程蒸餾。
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